Story（San Fierro編）
サンフィエロでの新生活
サンフィエロに到着したCJ達が目にしたものは、荒れ果ててボロボロのガレージだった。カタリーナに騙されたとCJは憤るが、ケンドルやシーザーは修理すればよいとCJをたしなめる。二人の説得で次第に落ち着きを取り戻したCJは、ここで働くメカニックのあてを気に掛ける。宇宙と交信を始めていたトゥルースはおもむろに、心当たりがあると口走る。CJは半信半疑のままトゥルースと外出する。
ジェスロとドウェイン
その人物たちは、元々バイスシティのボートヤードで働いていたが、どこぞのギャング（おそらくトミー・ベルセッティ）に仕事場を奪われた過去があるとのこと。一人目は、ジェスロ（Jethro）というらしい。イースターベイシンのガソリンスタンドに到着すると、車を整備中のジェスロの姿があった。トゥルースが仲間に誘うと、ジェスロは快諾する。続いて、駅でホットドッグを販売しているドウェイン（Dwaine）を訪ねる。彼もまた仲間入りを快諾する。最後に、電子機器に精通しているゼロ（Zero）をスカウトする。
全員でガレージに集合すると、CJは一週間でここを立て直すと皆を鼓舞する。片やケンドルはCJを呼び止め、カネ儲けのアイデアがあると自信満々に語る。CJはピンと来ていなかったが、その件はいったんケンドルに任せることとなった（Wear Flowers in Your Hair）。
テンペニーからは早速引っ越し祝いとばかりに、彼らにとって邪魔な存在の地区弁護士を陥れる仕事を任される（555 WE TIP）。
ケンドルに不行儀を働いた近所の建設現場に乗り込み、プレハブ小屋をすべて破壊した後、現場監督を簡易トイレごとコンクリート詰めにする（Deconstruction）。
麻薬シンジケート
シーザーから電話がかかってくる。以前彼が言っていたバラスによる薬物の輸送が本日行われるという。取引現場でカメラを構えていると、ライダー、ティーボーン・メンデス（T-Bone Mendez）、あと2人の知らない男が姿を現した。CJ達から見ても、ここで大きな取引が行われるであろうことは察知できた。写真は後日確認することとなった。（Photo Opportunity）。
CJが外出から戻ると、ガレージでシーザーと誰かが談笑している。ウージーとその部下が姿を現していた。丁度先日の写真を確認するところだったため、彼らにも確認してもらう。身元がわからなかった一人は麻薬シンジケートのボスであること、もう一人はジジー・B（Jizzy B）だと判明する。CJはまずジジーに接近を試みるといい、彼の経営するクラブに向かった（Jizzy）。
ジジー・Bとティーボーン・メンデス
クラブではジジーが両手に女を侍らせていた。何か仕事を与えてもらえないかとCJが嘆願すると、ジジーの女の命を狙う男の始末を指示される。ジジーのポン引き業務を手伝いつつ、ターゲットの男を始末する。これにより、CJはジジーの信頼を得る（Jizzy）。
クラブに戻ると、ジジーとティーボーン・メンデスが取り分の比率でもめていた。そこに連絡が入り、彼らの計画している取引が襲撃にあったという。現場に向かうと、すでに輸送車からブツは抜き去られていた。現場を走り去った4台のバイクを追跡し、ブツを取り返す（T-Bone Mendez）。
クラブでは、またジジーとティーボーンがもめていた。ティーボーンは計画を仕切りなおすべきだというが、ジジーは賛同しない。ここで緊急連絡があり、マイクという男が拉致されたと知らされる。CJ達は追跡装置を用いてマイクの居場所を突き止めて、救出に成功する。男の名は、マイク・トレノ（Mike Toreno）といい、先日の取引で最後まで名前がわからなかったのはこの男だった。マイクは、CJの名前を確認すると、ジジーのクラブに入っていく（Mike Toreno）。
別の日には、トレノとティーボーンがブツを運搬する際に、ロケットランチャー片手に彼らの進路を確保した（Outrider）。
ウージーの提案で、ジジーの携帯電話を奪うことになる。その話をシーザーに伝えると、何処から用意したのかサプレッサー付きのピストルを提供してくれる。クラブに乗り込んでジジーに銃を向けるが、間一髪で逃げられてしまう。カーチェイスの末、ジジーを殺害し、彼の携帯電話の入手に成功する（Ice Cold Killa）。
ロコ・シンジケートを壊滅させる時が来た。CJはシーザーをPier69に呼び出す。この作戦にはウージーの部下も参加する。建物の屋上にいる見張りを始末していると、ティーボーンとライダーが現れる。後を追うようにトレノがヘリで現れるが、屋上の死体を発見されて取引はご破算となる。トレノはヘリで逃亡してしまったため、後の2人にターゲットを絞る。バラスの猛攻をなぎ倒して前進するCJとシーザー。最奥にいるティーボーンはAK-47で応戦するものの、大量の出血の後、CJらにとどめを刺される。それを見たライダーはCJを挑発すると、海に飛び込んで逃亡する。後を追うCJ。最後はボートに乗り換えて悪あがきをするライダーだったが、CJの銃撃により死亡する（Pier 69）。
ウージーからタレコミがある。トレノがブツをヘリに移し替えてトンズラしようとしているらしい。CJはダウンタウンのヘリパッドに直行するが、すんでのところで離陸されてしまう。CJはそこにあったバイクでヘリを追跡し、ロケットランチャーでトレノもろともヘリを爆破する（Toreno's Last Flight）。
チャイニーズマフィア「トライアド」
ウージー
ウージーは、CJを彼の所有している馬券売り場に呼び出す。部下によって奥に案内される際、ウージーが視覚障がい者だということを知らされて驚くCJ。ウージーは、自分がトライアドを構成するマウンテン・クランド・ボーイズのボスであると明かす。CJへの初仕事として、トライアドの前回の会合に欠席したメンバーへの落とし前に同行させる。しかし、会合の現場はベトナムのギャングに襲撃された後だった。CJ達も激しい攻撃を受けるが、命からがら脱出する（Mountain Cloud Boys）。
ラン・ファーリー
ウージーの店では、トライアドの別のグループのボスであるラン・ファーリー（Ran Fa Li）が食事中だった。ウージーの情報では、ベトナム系のDa Nang Boysが勢力を伸ばしているという。ラン・ファーリーは、「うー」とか「ふん」等しか言わないが、傍らの部下が通訳をしてくれる。彼によると、空港の駐車場にある重要なブツを回収する必要があるという。CJはその仕事に立候補し、Da Nang Boysの待ち伏せを受けながらも仕事に成功する（Ran Fa Li）。
敵の監視の目をくらませるため、CJがおとりとなって山道を走り回り、ラン・ファーリーを安全に帰宅させることに成功する（Lure）。
素潜りの練習をしたCJは、海上のタンカーに潜入し、盗聴器を取り付ける（Amphibious Assault）。
Da Nang Boysのコンテナ船が到着するという情報が入る。CJはこの船の襲撃に立候補する。ウージーの部下が操縦するヘリで襲撃をかけるが、ヘリは撃墜される。何とか船まで泳ぎ着いたCJは、コンテナに閉じ込められていた亡命者を救出する。さらに、ブリッジにいるスネークヘッドのボスを、刀での一騎打ちの末殺害する（The Da Nang Thang）。
サンフィエロでのその後
ある日、ガレージにテンペニーとプラスキーが現れる。プラスキーにとって不利な記事を書こうとしている記者と、その情報提供者を消すように指示される。CJはサンフィエロからロスサントスまでのとんでもない距離を尾行し、二名の口封じに成功する（Snail Trail）。
裏切られたとはいえ、ライダーに手をかけてしまったことについて、呵責の念を抱くCJ。あいつは死んで当然とシーザーは励ます。そこに、ウージーが姿を現し、連中の麻薬工場を破壊しなければ終わらないと伝える。ウージーが手配した爆弾満載の乗用車を走らせ、工場の最奥部で爆発させることに成功する（Yay Ka-Boom-Boom）。
謎の男からのコンタクト
友人を名乗る謎の男から電話がかかってくる。ボイスチェンジャーが使用されていて、誰の声なのかはわからない。スウィートに関する情報が知りたければ、牧場に来いと一方的に告げる。正体は一切明かさないが、CJの家族の事情のことをかなり知っているようだった。CJは言われるがまま、サンフィエロの北東にある牧場に向かった。